A Reforma Tributária acabou colocando em risco a autonomia e até mesmo prejudicando o Estado de Santa Catarina. O objetivo é impedir que o novo sistema tributário comprometa a arrecadação e a economia catarinense a médio e longo prazo.
O potencial impacto negativo para os catarinenses foi reconhecido por 11 dos 16 deputados federais catarinenses que votaram contra a proposta.
Outro ponto é a transição federativa do Imposto sobre Bens e Serviços (IBS) que irá substituir o ICMS e o ISS e será de competência dos Estados e Municípios. A PEC prevê 50 anos de transição, mas o Governo de Santa Catarina entende que o prazo deve ser de 20 anos.